「ふじはや」の運転区間は、はやぶさ:東京〜熊本、富士:東京〜大分となっており、東京駅発の時には2列車を併結して出て行き、門司港駅で分割。それぞれ終着駅へ向かいます。以前はそれぞれが西鹿児島まで運転されていました。「はやぶさが」鹿児島線経由。「富士」は日豊線経由。 
車両はJR九州所有の14系15形。編成は以下のようになっています。 
 九州方面 ▲ 
 牽引機 EF66 
 1号車 スハネフ14 or スハネフ15 
 2号車 オロネ15 
 3号車 オハネ15 
 4号車 オハネ15 
 5号車 オハネ15 
 6号車 スハネフ14 or スハネフ15 
 7号車 スハネフ14 or スハネフ15 
 8号車 オロネ15 
 9号車 オハネ15 
 10号車 オハネ15 
 11号車 オハネ15 
 12号車 スハネフ14 or スハネフ15 
 東京方面 ▼ 
 はやぶさ1〜6号車/富士7〜12号車 
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